La città di Tharros sorge all’estremità meridionale della Penisola del Sinis; la città venne fondata probabilmente alla fine dell’VIII secolo a.C. da genti fenicie in un’area già frequentata in età nuragica.
Della fase fenicia, di cui non si conosce l’abitato, rimangono poche testimonianze relative essenzialmente ad ambito funerario e votivo.

Nella seconda metà del VI secolo, momento di grandi cambiamenti non solo in Sardegna per il prevalere della politica espansionistica di Cartagine, Tharros non sfugge alla conquista da parte della città africana.
Di età punica sono le tombe a camera scavate nel banco roccioso di Capo San Marco e, più a nord, presso il villaggio moderno di San Giovanni di Sinis.

A partire da questo momento si assiste all'espansione edilizia della città.

La chiesa di San Salvatore è sorta verso la fine del XVIII sec.; mentre di grande valore storico-culturale è l'ipogeo a cui si accede mediante una stretta scalinata, all'interno della stessa chiesa.
Sulle pareti di quasi tutti i vani, numerose immagini, segni di scrittura, vere e proprie scene di soggetti diversi (navi, due leoni, diverse figure di donne) fanno capire le diverse culture che si sono succedute.
Sicuramente di origine pagana è stato usato forse come catacombe, carcere e come rifugio nei primi tempi del Cristianesimo. È forse dal IV sec. che viene adibito a culto cristiano ed è probabile che il pozzo del nucleo centrale venisse usato come battistero.
Nel villaggio, tutti gli anni, la prima domenica di settembre, si ripete la tradizionale processione nota come "Corsa degli scalzi".